马尼拉，西班牙殖民者在亚洲的军事基地，也是亚洲最大、最繁华的贸易港口，其位于吕宋岛天然的良港马尼拉湾东岸，建于巴石河两岸。
1571年，海上殖民强国西班牙从马尼拉登陆，入侵并占领了吕宋岛，然后在马尼拉城中心的巴石河南岸建立了城堡和炮台。自那时起，这里便成了西班牙殖民统治当局的首府。
西班牙殖民者在1530年代征服南美洲的秘鲁，为西班牙提供了大量白银。有了这些白银，西班牙就能直接购买东方的奢侈品，摆脱了对葡萄牙中间人的依赖。由于中国政府不允许西班牙在中国海岸建立永久性居民点，西班牙被迫到其他地方寻找合适的港口。
当西班牙在1571年夺得吕宋岛的马尼拉时，它已经是一个繁荣的港口了。马尼拉已经有了牢固确立的中国商人和东南亚商人的商业社团。这些以马尼拉为基地的商人经营印度尼西亚东部群岛的产品，已经变得很富有了，但他们也经常与日本、越南和泰国做生意。
从16世纪到18世纪，从吕宋岛的马尼拉到新西班牙今墨西哥的阿卡普尔科之间，商船从未停止航行。1573年，马尼拉的第一艘盖伦帆船装载着中国丝绸，缎纹织物、瓷器和东南亚的香料，驶往阿卡普尔科；返回马尼拉时运来西班牙人取自美洲的白银。此后200多年间，马尼拉都是亚洲产品换成新世界白银的商业周转中心。
只不过，相对于西班牙殖民者的大肆掠夺，马尼拉的中国商人却是厄运不断。16世纪晚期，福建华人与吕宋岛间的贸易得到迅速发展，大批华人前往吕宋岛定居，到明万历年间，广东海盗林凤在吕宋与西班牙殖民者开衅。激起西入对华侨的仇视。
西班牙强盗不仅要对前来交易的中国海商征以重税，而且特别规定，到吕宋的中国商船每艘只能载两百人，而返程的时候则必须加倍运回商人，“必倍以四百”。这等于是一种变相的驱逐。
西班牙殖民者又制订制度，要求中国商人运入的货物必须由总督委派的官员整批估价，然后分配给西班牙商人，中国人不得私下交易。希望借此从数量和价格两端限制中国商品的输入。
最后，西班牙人还拼命限制中国商人在吕宋等岛的经商范围。他们把中国商人集中在马尼拉的一个小区——涧内，中国商人在涧内平时不能外出，更不能在外面过夜，常常因极小的事故而被拘锁并科以罚金，甚至可能由于未保持住所清洁而遭到罚款。
这些还远远不够。于是在1603年和1639年，西班牙殖民者举起了屠刀。万历到崇祯年间，西班牙殖民者两次屠杀马尼拉华侨，虽然惴惴不安，但都是有惊无险。
“海外争斗，未知祸首；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?又商贾中弃家游海，父兄亲戚，共所不齿，弃之无所可惜……”
大屠杀发生在海外，也查不到罪魁祸首。士民工商，商人最贱，怎能为自弃于王化的贱民而打仗？华商弃家于不顾，跑到海外，父兄亲戚都为之羞愧，放弃他们，无伤大雅。
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